Следующим этапом в изготовлении самогона является перегонка, процедура физической очистки, при которой жидкость доводят до кипения и конденсируют её пары. Брага по своему составу неоднородна, а благодаря этому процессу можно разделить жидкости, образовавшиеся при брожении и выделить максимально чистый этиловый спирт.
Спиртосодержащая жидкость начинает кипеть раньше, чем вода, примерно при 65-68°С (метиловый спирт - 64,7°С, уксуснометиловый эфир - 57,1°С, уксусноэтиловый эфир - 77,8°С и т. д.). Это головные фракции, легкокипящие, но опасные для здоровья вещества - метиловый спирт, эфиры. Поэтому, вопреки расхожему мнению - первач в пищевых целях не пригоден! Использовать его можно только для технических нужд. Объёмная доля таких веществ 3-8%. Хвостовую часть фракций - тяжелокипящую, также необходимо отделить, так как состоит она практически из одних сивушных масел, которые существенно портят вкус напитка, и провоцируют тяжёлые похмельные состояния. Кипеть они начинают при температуре 97°С, а в объёмной доле составляют 8-10%. Однако эту фракцию можно копить и перегнать потом отдельно по тому же дробному принципу, так как она также содержит этиловый спирт. Именно поэтому перегоняемый конденсат необходимо дробить и внимательно следить за показаниями температуры.
Этиловый спирт кипит в пределах 78,15°С. Его объёмная доля 75-85%. Эта фракция - основная, но после однократного перегона даже в ней остаются примеси легко- и тяжелокипящих фракций. В конкретных объёмах это должно выглядеть примерно так. Из трёх литров браги можно получить на выходе 800-1000 мл самогонки, в зависимости от терпения и опыта самогонщика. Таким образом, объём первой, непригодной для употребления в пищевых целях фракции составит 45-50 мл. Объем фракции этилового спирта в данном случае составит 680-950 мл. Третья фракция, в составе которой присутствуют сивушные масла, будет составлять 80-100 мл. Перед второй перегонкой в основную фракцию добавим 350-430 мл мягкой родниковой воды. Так же как и первый, он должен быть дробным, головную и хвостовую фракции необходимо отделить. Полученный самогон почти не будет содержать вредных для здоровья веществ, и составит в объёме 650-800 мл. Однако, для полного избавления от ненужных примесей, после перегонки проводят химическую очистку полученного самогона. После химической очистки самогон разбавляют родниковой (желательно) водой и еще раз перегоняют. Процедура отсечения фракций повторяется.